Все настройки, включая цветовые, хранятся в файлах. Шаблоны настроек можно вызвать через пункт меню Workspace -> Load Workspace, сохранить настройки - соответственно, Workspace -> Save Workspace
По умолчанию КД подгружает файл с настройками по-умолчанию, если Вы хотите изменить цветовую гамму уже при запуске КД, то ваш профиль должен быть записан через пункт Workspace -> Save as default Workspace